Johannes Gebauer hat Musikwissenschaft am King’s College Violine bei Simon Standage studiert. Ab 1993 war er musikwissenschaftlicher Mitarbeiter von Christopher Hogwood, während er jüngstes Mitglied der Academy of Ancient Music und des Collegium Musicum 90 wurde. Ab 1995 studierte er an der Schola Cantorum Basiliensis, u.a. Kammermusik bei Christophe Coin. Er war Mitglied des Bach Ensembles New York, des Aradia Ensembles Toronto, der Cappella Coloniensis und vielen weiteren internationalen Ensembles der Alten Musik und hat bei zahlreichen CD-Produktionen mitgewirkt. 2007 gründete er das Camesina-Quartett, mit dem er mehrere CDs (Dusík, Vanhal, Reissiger) eingespielt hat. Seit 2012 arbeitet Johannes Gebauer in diversen Forschungsprojekten an der Hochschule der Künste Bern zur Interpretationspraxis des 19. Jahrhunderts und wurde 2017 mit seiner Dissertation zu Joseph Joachims „Klassikervortrag“ an der Universität Bern summa cum laude promoviert, die Arbeit erscheint im Verlag Beethoven-Haus Bonn. Zuletzt forschte er an Aufführungsmaterialien des 19. Jahrhunderts.
Seit 2001 ist er außerdem als Musikproduzent tätig und hat bei zahlreichen Aufnahmen die Aufnahmeleitung übernommen.
MA (Cambridge University, UK), MA (Hochschule der Künste Bern), MA (Universität Bern), Dr. phil. (Universität Bern)